Ahora viene el cachondeo

Como yo soy novato en esto, y autodidacta, no he encontrado esa opción, así que, el mejor truco, lo he encontrado modificando el fichero de lectura del proyecto, el que lleva extensión ".QSF" y va siempre acompañando al fichero principal del proyecto, extensión ".QPF"
Ese fichero QSF es un fichero de texto normal y corriente, editable con el notepad++. Lo abrimos y buscamos nuestro fichero TOP (ademas, siguiendo las normas usadas por el mismo Quartus o por la gente que desarrolla en él, generalmente, lleva las letras "TOP" en su nombre.
Una vez localizado LO MOVEMOS (cortar/pegar la línea entera) y lo ponemos SOBRE el primero de todos los ficheros del proyecto. El Quartus al leer este fichero, sabe que el primero de todos, el TOP, es el principal, y todo lo que va dentro de este TOP definido con "`define" se convierte en global.
Ejemplo de TOP dentro del QSF:
set_global_assignment -name VERILOG_FILE ../../rtl/soc/minimig_mist_top.v
Como podéis ver, soy muy amigo del notepad++ (https://notepad-plus-plus.org/download/v7.5.8.html), pero si no queréis usar algo tan arcaico, desde dentro del Quartus, se puede hacer:
menu "project", submenu "Add/remove files in project"
Sale el menú con todos los ficheros del proyecto. Elegimos de la lista, el TOP (o fichero con los "defines", no tiene que ser el TOP), y en los botones del lado derecho, vamos pulsando "UP" hasta dejarlo arriba del todo, aceptamos y listo, ya es el principal. Si luego, vamos al fichero QSF con el notepad, veremos que ya está arriba.